NIPTIFY KVALITEET

NIPTIFY arendamine ja valideerimine algas aastal 2013. Testi täpsust on hinnatud 447 lapseootel naise vereprooviga.

 

Trisoomia Juhtude arv Tundlikkus Spetsiifilisus
T21 15/15 100% 100%
T18 9/9* 100%* 99.3%
T13 4/4 100% 99.3%
X0 4/4 100% 99.6%

*Üks mosaiikne T18 juhtum jäi tuvastamata (aneuploidsete rakkude arv ~20%). 

Kliinilise valideerimise uuring viidi läbi  Tervisetehnoloogiate Arenduskeskuses koostöös:
–       Tartu Ülikooli Kliinikumiga (Dr. Eva-Liina Ustav)
–       Ida-Tallinna Keskhaiglaga (Dr. Konstantin Ridnõi)
–       KU Leuven ülikoolihaiglaga (Prof. Joris Vermeesch)

Kliinilise valideerimise uuringu raames analüüsiti 447 raseda loote trisoomia riski:
–       172 üldpopulatsiooni, madala trisoomia riskiga rasedat, TÜ Kliinikum
–       259 kõrge trisoomia riskiga rasedat, TÜ Kliinikum ja Ida-Tallinna Keskhaigla
–       16 välise kvaliteedikontrolli testi, KU Leuven ülikoolihaigla

NIPTIFY testi teostamisel ei olnud loote karüotüüp uurijatele teada ning valideerimine viidi läbi nö pimekatse abil. Kõigile kõrge trisoomia riskiga rasedatele teostati invasiivne loote kromosoomide uuring (koorionibiopsia meetodil) TÜ Kliinikumi Geneetikakeskuses. NIPTIFY tulemusi võrreldi pimekatses loote invasiivse kromosoomianalüüsi tulemustega.

NIPTIFY valideerimine viidi läbi Eesti ja Belgia proovidega. Kokkulangevus oli 100%.

Valepositiivsed (False Positive, FP) NIPTIFY testi tulemused:

Madala riski grupis – 1 T18 ja kõrge riski grupis – 2 T18

Madala riski grupis – 3 T13

Valepositiivsed (FP):

FP/T21 – 0%

FP/T13 – 0,67% (3/447)

FP/T18 – 0,67% (3/447)

FP/X0 – 0,45% (2/447)

Traditsioonilises sõeluuringus, I trimestri seerummarkerid ja ultraheli – FP 3-5%.

Sensitiivsus (True Positive/(True Positive + False Negative)):

T21 – 100%

T18 – 100%

T13 – 100%

Loote sugu – 100%

45,XO – 100%

Sensitiivsus (detection rate, DR) on rutiinses I trimestri T21 kombineeritud sõeluuringus (seerummarkerid β-hCG ning PAPP-A koos ultraheliuuringuga): 88-89% (T21 üldine esinemissagedus 1:700 raseduse kohta).

Spetsiifilisus (True Negative/(True Negative + False Positive)):

T21 – 100%

T18 – 99,3%

T13 – 99,3%

X0 – 99,6%

Positiivne ennustusväärtus (Positive Predictive Value, PPV):

PPV = True Positive/(True Positive + False Positive)

NIPTIFY testi korral ei saa hetkel arvutada PPV väärtust, kuna trisoomia rasedusi on hetkel olnud liiga vähe.

Negatiivne ennustusväärtus (Negative Predictive Value):

NPV = True Negative/(True Negative + False Negative)

NPV on kõikide trisoomiate suhtes 100%.

Kõiki NIPT meetodil põhinevaid teste ei ole võimalik teostada kui loote cfDNA osakaal on raseda vereplasmas alla 4%, sel juhul tuleb testi korrata. NIPTIFY kliinilises valideerimise uuringus oli loote cfDNA kaheksas testis <4% (1,8%, 8/447).

NIPTIFY teenuse akrediteerimine

Täppismeditsiini labor, mis kuulub Tervisetehnoloogiate Arenduskeskusele, akrediteerib meditsiinilabori standardi ISO 15189 kohaselt.

NIPTIFY teenuste juurutamisel on juba lähtutud ISO protseduuridest ning olemasolevad teenust käsitlevad SOP-id lähtuvad ISO 15189 nõuetest.

Akrediteerimise protsess on käimas ning see loodetakse edukalt lõpetada hiljemalt 2019. sügiseks. Kuna välja töötatud meetod on uus, siis soovime kasutada praktilises teenustöös saadavat lisakogemust ISO akrediteerimises.

Teadustöö NIPTIFY tehnoloogia taga

Bayindir et al. (2015) Noninvasive prenatal testing using a novel analysis pipeline to screen for all autosomal fetal aneuploidies improves pregnancy management. Eur J Hum Genet 23(10):1286-93. doi: 10.1038/ejhg.2014.282. Otseviide artiklile.

Sauk et al. (2018) NIPTmer: rapid k-mer-based software package for detection of fetal aneuploidies. Sci Rep. 8(1):5616. doi: 10.1038/s41598-018-23589-8. Otseviide artiklile.

Zhilina et al. (2018) Creating basis for introducing NIPT in the Estonian public health setting. bioRxiv. doi: https://doi.org/10.1101/431924. Otseviide artiklile.